GMO의 주된 논쟁 중 하나는 ‘GM식품은 안전한가’ 이다.

　인류는 수렵채취로 생존해오다가 1만년 전 농경을 시작한 것으로 추정된다. 자연계에는 독성과 알레르기 물질이 함유된 동식물이 많이 있지만 인류는 경험으로 이런 것들을 구분하고 판별하며 식량으로 개발해 왔다.

　지금도 주요 식품이 체질에 따라 알레르기 반응을 나타내는 사람들이 있다.

　미국에서는 성인의 2%와 어린이의 5%가 식품 알레르기로 고통받고 있으며 연간 평균 3만여 명이 음식물에 대한 알레르기 반응으로 응급치료를 받고 150명은 사망하는 것으로 추산되고 있다.

　이처럼 처음부터 100% 안전한 식품이란 없다. 인류에게 식품으로 친숙한 작물들은 전통육종으로 품종개량을 해왔으나 식품안전성평가를 하지 않는다. 왜냐하면 이미 오랫동안 먹어온 (친숙성이 있는) 작물의 종(種) 내에서의 유전자재조합임으로 식품안전성 평가가 필요 없음을 직관적으로 알기 때문이다. 그러나 GM작물은 자연계 전체에서 유전자를 가져와 유전자재조합 하는 것임으로 식품안전성 평가 및 심사를 거쳐 식품으로 승인하는 법적 절차를 두게 뒀다.

　GM작물의 식품 안전성평가는 유전자가 어디서 왔는지를 확인하는 친숙성과 지금까지 개발된 모든 과학적 방법으로 독성, 알레르기 및 영양성분의 변화를 검정해 지금까지 우리가 먹어 왔던 작물과 실질적 동등성에 차이가 없다고 판단되면 식품으로 승인하게 된다. 이렇게 해 처음 GM작물이 나왔을 때 NGO 단체에서는 한 세대(30년)이상 동안 식경험이 없었기 때문에 안전성을 확인할 수 없다고 주장하면 과학자들은 대응할 자료가 없었다. 그러나 16년이 지난 현재, 수많은 가축과 사람이 GM작물을 먹어 왔지만 부작용이 발견되지 않아 이제는 조심스럽게 대응자료를 제시 할 수 있게 됐다.

　감자는 햇빛을 받으면 솔라닌이란 독성물질이 생성된다. 이런 감자가 아메리카에서 유럽으로 전파돼 식량작물로 정착하는데 200년이 걸렸다. 또한 남미의 인디언들이 채소로 재배했던 토마토가 18세기 말 이탈리아에서 식용으로 재배하기 전까지는 관상용 화초에 불과했다. 토마토가 유럽에서는 독초인 맨드레이크와 비슷한 모습에 먹을 생각을 못했으며, 먹을 수 있음을 안 뒤에도 한동안 기피식품으로 취급됐다.

　이처럼 새로운 식품, 새로운 과학을 받아들이는 데는 시간이 필요하다. 그러나 승인된 GM작물은 우리가 100여 년 간 먹어왔던 전통육종 방법으로 육성한 작물과 다르지 않다.

　그럼에도 불구하고 안타까운 것은 GM작물에 대한 근거 없는 막연한 주장들이 아직도 기아에 허덕이는 제3세계 국가들이 GM작물을 받아들이는데 큰 장해가 되고 있다는 점이다.